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======= APSEM2019 : éco-systèmes pour la science ouverte et recherche par les données  ======= ======= APSEM2019 : éco-systèmes pour la science ouverte et recherche par les données  =======
 +  * **Lieu: ** - Toulouse à [[http://www.enseeiht.fr|ENSEEIHT]]
 +  * **Date: ** - du mardi 15 au vendredi 18 octobre (Semaine 42 - 4 jours) 2019
 +  * Nb personne: environ 40
 +  * [[https://apsem2019.sciencesconf.org| Appel à contribution]]
 +  * **Accès libre avec [[https://apsem2019.sciencesconf.org/registration|inscription obligatoire]] dans la limite des places disponibles**
 +  * [[pascal.dayre@enseeiht.fr?subject=[APSEM2019]| Contact]].
-**Accès libre avec [[https://apsem2019.sciencesconf.org/registration|inscription obligatoire]] dans la limite des places disponibles** 
- +**Objectifs**: Étudier les nouvelles perspectives et l'apport croisé des technologies du web des données et de la recherche par les données, pour la construction d'éco-systèmes pour la science ouverte. Le fil conducteur de cette action sera le support à l'utilisateur pour l'accès aux ressources, le processus de traitement et d'analyse des données, et la mise en place de chaines de traitement pour l'apprentissage automatique.
- +
-L’apport croisé et les nouvelles perspectives des technologies du web des données et de la recherche par les données pour les éco-systèmes pour la science ouverte.  +
- +
-Le fil conducteur de cette action sera le support à l'utilisateur, l'accès aux ressources, le processus de traitement, d'analyse des données ou dans la mise en place de l'apprentissage automatique+
- +
-Nous nous intéresserons particulièrement à l'intégration des technologies du web des données dans les éco-systèmes pour la science ouverte.+
Cette action fait suite à l'édition [[http://devlog.cnrs.fr/apsem2018|APSEM 2018]] Cette action fait suite à l'édition [[http://devlog.cnrs.fr/apsem2018|APSEM 2018]]
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  * EVR   * EVR
  * E-infrastructure   * E-infrastructure
- 
-[[pascal.dayre@enseeiht.fr?subject=[APSEM2019]| Contact]] 
- 
-  * **Lieu: ** - Toulouse à [[http://www.enseeiht.fr| ENSEEIHT]] 
-  * **Date: ** - du mardi 15 au vendredi 18 octobre (Semaine 42) - 4 jours 
-  * Nb personne: environ 40 
-  * Date limite d'inscription : -- 
- 
-  * [[https://apsem2019.sciencesconf.org| Appel à contribution]] 
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La mise en place d'un environnement opérationnel, facilement accessible et utilisable par le plus grand nombre est également un fort enjeu. La mise en place d'un environnement opérationnel, facilement accessible et utilisable par le plus grand nombre est également un fort enjeu.
 +
 +Il importe de pouvoir:
 +  * **Faciliter l'accès et le partage des ressources entre utilisateurs (données, codes, calcul, expérimentations, services, configurations,...) (principes FAIR)**
 +  * **Faciliter l'activité des experts.**
 +  * **Rendre possible la conduite d'analyses de données valides par des acteurs moins expérimentés.**
 +  * **Offrir des capacités d'analyse des données au plus grand nombre.**
 +  * **Faciliter la formation des individus et des communautés.**
====== Objectifs scientifiques et techniques ====== ====== Objectifs scientifiques et techniques ======
-Nous étudierons le support à l'utilisateur dans le processus de traitement, d'analyse des données ou dans le processus d'apprentissage automatique: +Nous étudierons le support à l'utilisateur dans le processus de traitement et d'analyse des données, et dans le processus d'apprentissage automatique. Cette étude se fera sous différents angles : 
-  * Système de gestion, d'aide et/ou de recommandation pour l'élaboration de processus d'analyse  +  * Constitution et utilisation d’éco-systèmes composés d’e-infrastructures et d’environnements de recherche virtuels. 
-  * La mise en oeuvre du système de support dans un processus de recherche et un éco-système technique.+  * Apports du web des données à la construction de ces éco-systèmes. 
 +  * Environnements de travail pour la convergence de l'apprentissage automatique et de l’ingénierie des connaissances. 
 +  * Système de gestion, d'aide et/ou de recommandation pour l'élaboration de processus d'analyse.
-Nous étudierons ce que le web des données peut apporter à la construction de ces éco-systèmes. 
- 
-  
-**Il importe de pouvoir:** 
- 
-  * **Faciliter l'accès et le partage des ressources entre utilisateurs (données, codes, calcul, expérimentations, services, configurations,...) (principes FAIR)** 
-  * **Faciliter l'activité des experts.** 
-  * **Rendre possible la conduite d'analyses de données valides par des acteurs moins expérimentés.** 
-  * **Offrir des capacités d'analyse des données au plus grand nombre.** 
-  * **Faciliter la formation des individus et des communautés.** 
 +Plus spécifiquement, les les aspects suivants seront abordés :
 +  * panorama des écosystèmes technologiques pour la science des données
 +  * outils et méthodes de l'apprentissage ;
 +  * outils de structuration sémantique des données, le web sémantique et ingénierie des connaissances;
 +  * apports croisés
 +  * usages et communautés de recherche
 +  * architecture des services d’e-infrastructure et fonctionnalités des environnements virtuels de recherche pour les scénarios d’usages des laboratoires.
 +    * Cycle de vie de la donnée
 +    * Accès aux calculs et aux référentiels de ressources
 +    * Traçabilité des calculs et des ressources numériques dans une perspective de science ouverte
 +    * Intégration des technologies de l’intelligence artificielle, de la reconnaissance des formes et de l'ingénierie des connaissances
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- 
-====== Description ====== 
- 
-Environnements de travail pour la convergence de l'apprentissage automatique et de l’ingénierie des connaissances.  Constitution et utilisation d’éco-systèmes composés d’e-infrastructures et d’environnements de recherche virtuels. 
-  
-  * panorama des écosystèmes technologiques pour la science des données 
-  * outils et méthodes de l'apprentissage ; 
-  * outils de structuration sémantique des données, le web sémantique et ingénierie des connaissances; 
-  * apports croisés 
-  * usages et communautés de recherche  
-  * architecture des services d’e-infrastructure et fonctionnalités des environnements virtuels de recherche pour les scénarios d’usages des laboratoires. 
-    * Cycle de vie de la donnée 
-    * Accès aux calculs et aux référentiels de ressources 
-    * Traçabilité des calculs et des ressources numériques dans une perspective de science ouverte 
-    * Intégration des technologies de l’intelligence artificielle, de la reconnaissance des formes et de l'ingénierie des connaissances 
====== Programme ====== ====== Programme ======
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-=====J1: Le processus de traitement, d'analyse des données et le processus d'apprentissage automatique=====+===== J1: Le processus de traitement et d'analyse des données, et le processus d'apprentissage automatique =====
  * **Objectifs:** expliciter le processus d'analyse des données et  la validation des résultats. Nous nous intéresserons aux recommandations pour mener  correctement une  analyse, de  la préparation des données à la validation voire à l'explicabilité des résultats.   * **Objectifs:** expliciter le processus d'analyse des données et  la validation des résultats. Nous nous intéresserons aux recommandations pour mener  correctement une  analyse, de  la préparation des données à la validation voire à l'explicabilité des résultats.
  * **Mots clé:** cycle de vie de la données et de leur préparation pour l'analyse, l'apprentissage et l'IA, traçabilité (PROV-O). Formalisation du processus et base de données des traces d'apprentissage   * **Mots clé:** cycle de vie de la données et de leur préparation pour l'analyse, l'apprentissage et l'IA, traçabilité (PROV-O). Formalisation du processus et base de données des traces d'apprentissage
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    * **09H15-10h00** - Accueil     * **09H15-10h00** - Accueil
    * **10H00-10h30** - Présentation de l'action et des participants     * **10H00-10h30** - Présentation de l'action et des participants
-    * **10H30-11h30** - le Processus d'analyse et la validation des résultats - **Sébastien Déjean** / IMT +    * **10H30-11h30** - le Processus d'analyse et la validation des résultats - **Sébastien Déjean** / IMT {{:sdejean_apsem_oct_2019.pdf|pdf}} 
-    * **11h30-12h30** - Présentation des concepts de l'Analyse des données symboliques et de ses développements récents Les fonctionnalités nécessaires à la gestion des données complexes (objets symboliques)  dans les environnements de recherche en data science - [[https://www.eyrolles.com/Sciences/Livre/data-science-par-analyse-des-donnees-symboliques-9782710811817/​| Edwin Diday]] +    * **11h30-12h30** - Présentation des concepts de l'Analyse des données symboliques et de ses développements récents Les fonctionnalités nécessaires à la gestion des données complexes (objets symboliques)  dans les environnements de recherche en data science - [[https://www.eyrolles.com/Sciences/Livre/data-science-par-analyse-des-donnees-symboliques-9782710811817/​| Edwin Diday]]{{:conf_edwin_diday-j1-apsem-2019.pdf|pdf}}
    * **12h30-14h00** - Repas     * **12h30-14h00** - Repas
    * **14h00-15h00** - Interprétabilité de modèles boites-noires en Apprentissage Machine - **Laurent Risser** / [[https://www.math.univ-toulouse.fr/|IMT]] / [[http://aniti.univ-toulouse.fr/|ANITI]] et **Ronan Pons** (doctorant ANITI) \\ Cette présentation portera sur les problématiques et les solutions récentes liées à l'interprétation des décisions prises par des modèles boites-noires en Apprentissage Machine. Ces problématiques sont d'autant plus critiques en France que le RGPD a rendu obligatoire l'an dernier le fait de pouvoir expliquer ce type de décisions en cas de discrimination potentielle. Au delà des aspects techniques, les aspects sociétaux et légaux liés à cette problématique seront évoqués.     * **14h00-15h00** - Interprétabilité de modèles boites-noires en Apprentissage Machine - **Laurent Risser** / [[https://www.math.univ-toulouse.fr/|IMT]] / [[http://aniti.univ-toulouse.fr/|ANITI]] et **Ronan Pons** (doctorant ANITI) \\ Cette présentation portera sur les problématiques et les solutions récentes liées à l'interprétation des décisions prises par des modèles boites-noires en Apprentissage Machine. Ces problématiques sont d'autant plus critiques en France que le RGPD a rendu obligatoire l'an dernier le fait de pouvoir expliquer ce type de décisions en cas de discrimination potentielle. Au delà des aspects techniques, les aspects sociétaux et légaux liés à cette problématique seront évoqués.
-    * **15h00-15h40** - Formalisation du processus d'analyse et traces de provenance - **Franck Michel et Pascal Dayre**+    * **15h00-15h40** - Formalisation du processus d'analyse et traces de provenance - **Franck Michel, Alban Gaignard et Pascal Dayre** 
 +      * Formalisation es traitements et du processus d'analyse? - Pascal Dayre {{:apsem2019.j1.pm.dayre_workflow03.pdf|pdf}} 
 +      * Reproducibility and reuse in data-driven sciences: from provenance to summaries - Franck Michel et  Alban Gaignard {{:apsem2019_formalisationduprocessusdanalyseettracesdeprovenance_franckmichel.pdf|pdf}}
    * **15h40-16h00** - retour d’expérience: La problématique de la provenance dans le domaine du phénotypage haut débit - **Romain David - INRA**     * **15h40-16h00** - retour d’expérience: La problématique de la provenance dans le domaine du phénotypage haut débit - **Romain David - INRA**
    * **16h00-16h30** Café     * **16h00-16h30** Café
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    * **09h15-09h30** - poster DataNoos - **Michelle Sibilla - IRIT**     * **09h15-09h30** - poster DataNoos - **Michelle Sibilla - IRIT**
    * **09h30-09h45** - poster Identifying, naming and interoperating data in a Phenotyping platform network : the good, the bad and the ugly - **Romain David - INRA**     * **09h30-09h45** - poster Identifying, naming and interoperating data in a Phenotyping platform network : the good, the bad and the ugly - **Romain David - INRA**
-    * **09h45-10h00** - poster Atelier données Groupe inter-réseaux - **Dominique Desbois**+    * **09h45-10h00** - poster Atelier données Groupe inter-réseaux - **Dominique Desbois**{{:apsem_j2_présentation_atelier_données_desbois.pdf|pdf}}
    * **10h00-10h15** - poster SO-DRIIHM  - promoting open science within the labex - improving its research data infrastructure - **Emilie Lerigoleur - CNRS/GEODE**     * **10h00-10h15** - poster SO-DRIIHM  - promoting open science within the labex - improving its research data infrastructure - **Emilie Lerigoleur - CNRS/GEODE**
    * **10h15-10h40** - Pause café     * **10h15-10h40** - Pause café
    * **10h40-11h00** - Comment gérer et publier des données en open access selon les principes FAIR ? Retour d'expérience et perspectives - **Emilie Lerigoleur - CNRS/GEODE**     * **10h40-11h00** - Comment gérer et publier des données en open access selon les principes FAIR ? Retour d'expérience et perspectives - **Emilie Lerigoleur - CNRS/GEODE**
-    * **11h00-11h30** - Retour d'expérience sur les data paper du [[http://www.gbif.fr/|GBIF]] -  **Sophie Pamerlon - UMS Patrimoine Naturel**+    * **11h00-11h30** - Retour d'expérience sur les data papers du [[http://www.gbif.fr/|GBIF]] -  **Sophie Pamerlon - UMS Patrimoine Naturel** {{:apsem2019_gbif_data_papers_sophiepamerlon.pdf|pdf}} video
    * **11h30-12h15** - plateformes Big data - principes, usages et architectures - **Sami Yangui** - [[http://www.laas.fr|LAAS]]     * **11h30-12h15** - plateformes Big data - principes, usages et architectures - **Sami Yangui** - [[http://www.laas.fr|LAAS]]
    * **12h15-14h00** - Repas     * **12h15-14h00** - Repas
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**Programme:** **Programme:**
-  * **09h00-09h30** - Petit tour d'horizon et comparatif des VREs - **Yvan Le Bras / MNHN** +  * **09h00-09h30** - Petit tour d'horizon et comparatif des VREs - **Yvan Le Bras / MNHN** {{:apsem2019_pndb_octobre_2019_tourhorizonvre_yvanlebras.pdf|pdf}} video 
-  * **09h30-10h00** - Retour d'expérience sur Google earth engine - **Simon Gascoin** - CESBIO+  * **09h30-10h00** - Retour d'expérience sur Google earth engine - **Simon Gascoin** - CESBIO {{:apsem2019_googleearthengine_simongascoin_gee.pdf|pdf}} video
  * **10h00-10h45** - [[https://pangeo.io/|Pangeo]] : a community platform for Big Data (geo)science. Qu’est-ce que Pangeo et les cas d’utilisation scientifiques- **Guillaume Eynard-Bontemps / CNES**   * **10h00-10h45** - [[https://pangeo.io/|Pangeo]] : a community platform for Big Data (geo)science. Qu’est-ce que Pangeo et les cas d’utilisation scientifiques- **Guillaume Eynard-Bontemps / CNES**
  * **10h45-11h00**Pause café   * **10h45-11h00**Pause café
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  * **11h45-12h30** Les fonctionnalités nécessaires à la gestion des données complexes (objets symboliques)  dans les environnements de recherche en data science - [[https://www.eyrolles.com/Sciences/Livre/data-science-par-analyse-des-donnees-symboliques-9782710811817/​| Edwin Diday]]   * **11h45-12h30** Les fonctionnalités nécessaires à la gestion des données complexes (objets symboliques)  dans les environnements de recherche en data science - [[https://www.eyrolles.com/Sciences/Livre/data-science-par-analyse-des-donnees-symboliques-9782710811817/​| Edwin Diday]]
  * **12h30-14h00** - Repas   * **12h30-14h00** - Repas
-  * **14h00-14h30** - la [[https://massiccc.lille.inria.fr/|plateforme web MASSICCC]] pour classifier des données complexes (mixtes, manquantes, fonctionnelles, haute dimension) -  Pr. Christophe Biernacki, math.univ-lille1.fr/~biernack ; responsable  scientifique de l'équipe MODAL (modal.lille.inria.fr)+  * **14h00-14h30** - la [[https://massiccc.lille.inria.fr/|plateforme web MASSICCC]] pour classifier des données complexes (mixtes, manquantes, fonctionnelles, haute dimension) -  Pr. Christophe Biernacki, math.univ-lille1.fr/~biernack ; responsable  scientifique de l'équipe MODAL (modal.lille.inria.fr) {{:apsem-biernacki-massiccc.pdf|pdf}}
  * **14h30-15h00** - L'IA avec .net core et F# - **François-David Collin** - [[http://umontpellier.fr | Université de Montpellier]]   * **14h30-15h00** - L'IA avec .net core et F# - **François-David Collin** - [[http://umontpellier.fr | Université de Montpellier]]
  * **15h00-15h25** - Café   * **15h00-15h25** - Café
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**Objectifs:** **Objectifs:**
-Les plateformes de big data se développent. Elles sont souvent synonymes de solutions centralisées. Nous nous intéresserons ici aux solutions ouvertes et distribuées.  Nous nous intéresserons aux éco-systèmes pour la science ouverte intégrant des e-infrastructures de données et des services de traitement, des socles et des services de calcul, les couches d'intermédiations que sont les EVR (Environnement Virtuel de Recherche)+Les plateformes de big data se développent mais sont souvent synonymes de solutions centralisées. Nous nous intéresserons ici aux solutions ouvertes et distribuées que sont les éco-systèmes pour la science ouverte intégrant : des e-infrastructures pour l'hébergement des données et fournissant un socle de services de traitement, et les couches d'intermédiations que sont les EVR (Environnement Virtuel de Recherche).
- +
-Nous voyons que nous sommes à la convergence du calcul-données, HPC-cloud.+
 +Nous sommes à la convergence entre calcul et données, et HPC et cloud.
Nous avons d'un côté des centres de calcul et de l'autre des e-infrastructure de données. Nous avons d'un côté des centres de calcul et de l'autre des e-infrastructure de données.
-allons-nous vers une architecture centralisée ou une architecture distribuée, une solution intégrée bornée genre plateforme ou une solution évolutive avec des standards ouverts, des e-infrastructures et des socles de calcul pour le backbone et le "back office" et des VRE pour le "front office" et la couche d'intérmédiation pour l'accès aux différents services de données, de traitement et d'analyse.+Allons-nous vers une architecture centralisée sous la forme d'une solution intégrée et bornée type plateforme
 +Ou bien allons-nous vers des architectures distribuées, évolutives, basées sur des standards ouverts, des e-infrastructures et des socles de calcul pour le backbone/"back office", et des VRE pour le "front office" assurant l’intermédiation pour l'accès aux services de traitement et d'analyse des données ?
Nous nous poserons également comme question lors de ces journées la mise en place de ces éco-systèmes, de l'offre des GAFAM tel que Google Earth Engine à des environnements co-construits par des communautés utilisatrices comme celle des sciences de la terre avec Pangeo. Nous nous poserons également comme question lors de ces journées la mise en place de ces éco-systèmes, de l'offre des GAFAM tel que Google Earth Engine à des environnements co-construits par des communautés utilisatrices comme celle des sciences de la terre avec Pangeo.
- 
Nous nous intéresserons également à l'apport du web sémantique dans ces solutions. Nous nous intéresserons également à l'apport du web sémantique dans ces solutions.
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**Programme provisoire:** **Programme provisoire:**
  * **08h30-08h45** - Introduction   * **08h30-08h45** - Introduction
-  * **08h45-09h30** - Mise en place d'un service de calcul - REX du GT calcul Inria - Pr. **Christophe Biernacki**, math.univ-lille1.fr/~biernack ; Délégué scientifique du Centre Inria de Lille (inria.fr/en/centre/lille+  * **08h45-10h00** - Mise en place d'un service de calcul - REX du GT calcul Inria. **[[http://math.univ-lille1.fr/~biernack|Christophe Biernacki]]**, Délégué scientifique du [[http://inria.fr/en/centre/lille|Centre Inria Lille]] 
-  * **09h30-10h15** - Mise en place de Pangeo au centre de calcul du CNES, architecture et intégration - **Guillaume Eynard-Bontemps / CNES** (https://pangeo.io/, A community platform for Big Data, CLOUD,geoscience) +  * **10h00-10h30** - Café  
-  * **10h15-10h30** - Café  +  * **10h30-12h00** - L'infrastructure de recherche Data Terra: produits, services distribués et feuille de route d'écosystèmes pour la science ouverte. **Frédéric Huynh**, Directeur, Infrastructure de Recherche Data Terra - "Pôles de données et services pour le système Terre”. MESRI / CNES-CNRS-IFREMER-IGN-IRD-IRSTEA-METEO France. www.theia-land.fr ; www.odatis-ocean.fr ; www.aeris-data.fr ; www.poleterresolide.fr. {{:apsem2019.j4.frédéric_huynh.data_terra.pdf|diapos}} 
-  * **10h30-11h15** - L'infrastructure de recherche Data Terra, ses produits et ses services distribués et sa feuille de route d'éco-système pour la science ouverte - **Frédéric Huynh** Directeur - Infrastructure de Recherche Data Terra - "Pôles de données et services pour le système Terre”. MESRI / CNES-CNRS-IFREMER-IGN-IRD-IRSTEA-METEO France. www.theia-land.fr ; www.odatis-ocean.fr ; www.aeris-data.fr ; www.poleterresolide.fr  +  * **12h00-12h15** - Mise en place de Pangeo au centre de calcul du CNES, architecture et intégration. Guillaume Eynard-Bontemps, CNES (https://pangeo.io/, A community platform for Big Data, CLOUD,geoscience) 
-  * **11h15-12h00** - Quelle offre de la part des infrastructures de calcul ? Quelles connexions avec la gestion des données ? Quelles évolutions de l'accès au calcul ? - **Alain Franc**  - INRA - UMR Biodiversité, Gènes et Communautés +  * **12h15-12h45** - Création d’une offre de services "datacenter", présentation du projet UFTMiP. **Hervé Luga**, VP Numérique de l'université de Toulouse {{:apsem2019.j4.hervé_luga.vp_num_toulouse.pdf|diapos}} 
-  * **12h00-12h45** - Le projet de l'[[https://www.univ-toulouse.fr/|université fédérale de Toulouse]] - **Hervé Luga** - VP numérique de l'université de Toulouse +  * **12h45-14h00** - Déjeuner 
-  * **12h45-14h00** - Repas +  * **14h00-14h45** - Les VRE, les frameworks, l'accès aux ressources et l'interopérabilité dans le réseau de France Grille et EGI. **Axel Bonnet**, [[https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr|CREATIS]]. {{:apsem2019.j4.axel_bonnet.vrefg_egi.pdf|diapos}} 
-  * **14h00-14h45** - Les VRE, les frameworks, l'accès aux ressources et l'interopérabilité dans le réseau de France Grille et EGI - **Axel Bonnet** - [[https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr|CREATIS]] +  * **14h45-15h10** - Retour sur le [[https://www.rd-alliance.org/groups/vre-ig.html|RDA VRE Interest Group]]. Virtual Research Environments - Working towards building a common reference model and a catalogue of design patterns for VREs. **Romain David** INRA UMR MISTEA, **Pascal Dayre** CNRS/IRIT/ENSEEIHT {{:apsem2019.j4.romain_david.vre_rda.pdf|diapos}} 
-  * **14h45-15h10** - Retour sur le [[https://www.rd-alliance.org/groups/vre-ig.html|IG RDA - “Virtual Research Environments - Working towards building a common reference model and a catalogue of design patterns for VREs"]] **Romain David INRA UMR MISTEA** - **Pascal Dayre  CNRS/IRIT/ENSEEIHT**  +  * **15h10-15h30** - Retour d'expérience de l'utilisation de l'environnement virtuel Conda et d'un container Singularity pour le calcul HPC. **Yves Auda**, CNRS/OMP {{:apsem2019.j4.yves_auda.conda_singularity_hpc.pdf|diapos}}
-  * **15h10-15h30** - Retour d'expérience de l'utilisation de l'environnement virtuel conda et d'un container singularity pour le calcul HPC - **Yves Auda** - CNRS/OMP +
  * **15h30-15h45** - Café   * **15h30-15h45** - Café
  * **15h45-16h45** - Discussion "Vers un standard ouvert pour un éco-système ouvert?"   * **15h45-16h45** - Discussion "Vers un standard ouvert pour un éco-système ouvert?"
 
apsem2019.1571391821.txt.gz · Dernière modification: 2019/10/18 11:43 par romain.david@imbe.fr
 
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